Iznos naknade zarade za zaposlene korisnike prava na naknadu zbog rada sa skraćenim radnim vremenom, naknade zbog manje zarade na drugom odgovarajućem poslu, odnoso naknade po osnovu preostale radne sposobnosti, naknade po osnovu raspoređivanja na drugi odgovarajući posao i opasnosti od nastanka invalidnosti, utvrđen je odredbom člana 224. stav 1. Zakona o PIO. 

Prema ovoj odredbi, korisnici su zadržali iznos naknade koji su primali na dan stupanja na snagu ovog zakona, s tim što ona nije mogla da bude veća od 50% iznosa prosečne zarade po zaposlenom u Republici u 2002. godini koji objavljuje organ nadležan za poslove statistike, a to je iznosilo 6.630 dinara (13.260 x 50%). Bez obzira da li naknada veća od 6.630 dinara ili manja od tog iznosa, usklađivanje se vršilo samo za iznose manje od propisanog. Za veće iznose usklađivanje je privremeno zadržavano sve dok se usklađivanjem iznosa 6.630 dinara ne dostigne nivo njihove naknade. 

Prema odredbi člana 224. stav 2. Zakona o PIO, naknada invalidima II i III kategorije usklađuje se na način na koji se vrši usklađivanje penzija, odnosno u skladu sa odredbom člana 80. ovog zakona. Praktično, ove naknade su usklađivane, počev od marta 2003. (kao i penzije) na dva načina i to: 
  • - od marta 2003. do kraja 2005. godine, kvartalno, od 1. januara, 1. aprila, 1. jula i 1. oktobra tekuće godine, na osnovu statističkih podataka, sa kretanjem troškova života i prosečne zarade zaposlenih u Srbiji u prethodnom kvartalu u procentu koji predstavlja zbir polovine procenta rasta, odnosno pada troškova života i polovine procenta rasta, odnosno pada zarada; 
  • - nakon 2005. godine prema izvršenim izmenama Zakona o PIO, usklađivanje penzija, a time i ovih naknada vršilo se šestomesečno, od 1. aprila i 1. oktobra tekuće godine, na osnovu statističkih podataka sa kretanjem troškova života u Srbiji u prethodnih šest meseci. 

Na osnovu rešenja direktora Fonda PIO, u oktobru 2008. godine izvršeno je još jedno usklađivanje naknade invalidima rada zajedno sa vandrednim usklađivanjem penzija za mesece oktobar, novembar i decembar 2008. godine za 14,13%. Zbog Aranžmana sa MMF, za 2009. i 2010. godinu, nije izvršeno usklađivanje penzija, pa ni naknada za invalide, tako da zaključno sa novembrom 2010. godine usklađeni (limitirani) iznos ove naknade je 18.359, 80 dinara.