Na utvrđeni pripadajući iznos naknade koja se isplaćuje invalidima II i III kategorije iz sredstava Fonda PIO obračunava se i plaća: 
  • - porez po stopi od 10% na bruto iznos naknade 
  • - doprinos za zdravstveno osiguranje po stopi od 10,3% na neto iznos naknade. 
Osnovicu za obračun poreza na zarade čini bruto naknada koja se dobija tako što se iznos neto naknade podeli sa koeficijentom 0,90. Doprinos za zdravstveno osiguranje po stopi od 10,30% obračunava se na neto naknadu, u skladu sa članom 20. Zakona o doprinosima za obavezno socijalno osiguranje. 

Refundacija naknade 
Naknadu invalidima rada II i III kategorije invalidnosti isplaćuje poslodavac i po izvršenoj isplati podnosi zahtev za refundaciju Fondu PIO. Iznos sredstava za refundaciju čini zbir neto naknade, poreza i doprinosa za zdravstveno osiguranje. 
Uz zahtev za refundaciju, poslodavac je dužan da dostavi dokaz o tome da je invalidu isplatio naknadu i da je na nju platio porez i doprinos za zdravstveno osiguranje (fotokopija izvoda banke o uplati). U Fondu PIO, Služba za isplatu naknada će izvršiti proveru tačnosti obračunatog iznosa naknade za refundaciju i da li su sva zahtevana dokumenta stavljena na uvid od strane poslodavca. Samo ukoliko su ovi dokazi uredno dostavljeni, filijala Fonda PIO može da sprovede postupak refundacije.  
Naknade zarade invalidima rada koju isplaćuje Fond PIO zbog umanjene radne sposobnosti pripada invalidu samo za dane provedene na radu i za dane za koje je prema Zakonu o radu utvrđeno obavezno odsustvovanje sa rada, a to su dani državnog praznika, godišnji odmor, a prema našem mišljenju i plaćeno odsustvo do sedam dana. 
Međutim, kada je invalid rada na bolovanju do 30 ili preko 30 dana i kada je na plaćenom odsustvu zbog privremenog prestanka potrebe za njegovim radom, odnosno drugoj vrsti odsustva dužeg od sedam dana, ili na neplaćenom odsustvu, za te dane mu ne pripada naknada koju isplaćuje Fond PIO, jer to vreme nije proveo na radu.