Druga kategorija prefakturisanja troškova odnosi se na slučajeve u kojima ti troškovi nisu nastali u vezi sa izvršenim prometom dobara i usluga, već potraživanje nastaje po nekom drugom osnovu. Dakle, radi se o troškovima koji ne predstavljaju naknadu ili deo naknade za izvršeni promet dobara ili usluga. 

Na iznos tih troškova koji ne predstavljaju naknadu ili deo naknade za izvršeni promet dobara ili usluga, ne obračunava se i ne plaća PDV, taj iznos se ne iskazuje u poreskoj prijavi PDV (Obrazac PP PDV), niti se po osnovu potraživanja predmetnih troškova izdaje račun iz člana 42. Zakona. 

Najčešći slučajevi prefakturisanja troškova koji nisu u vezi sa izvršenim prometom jesu kod podele zajedničkih troškova (npr. u vezi sa zajedničkim korišćenjem poslovnog prostora), prefakturisanje troškova dobavljaču od strane kupca dobara ili primaoca usluga, potraživanje troškova izazvanih činjenjem ili propuštanjem lica od kojeg se troškovi potražuju (naknada štete) i sl. 

U praksi se sreću slučajevi da više obveznika zajednički koristi poslovnu zgradu, po osnovu suvlasništva ili sukorisništva, a da troškove koji nastaju u vezi sa korišćenjem tog objekta dele između sebe po određenom ključu. Pri tome između tih lica ne postoji ugovorni odnos, u smislu da neki od njih prostor koriste na osnovu obligacionih odnosa (ugovor o zakupu, ugovor o podzakupu, ugovor o korišćenju i sl.) sa vlasnikom, suvlasnikom ili zakupcem prostora. 

U ovom slučaju računi za električnu energiju, vodu toplotnu energiju, prirodni gas, komunalne i telekomunikacione usluge i sl. najčešće glase na jednog od korisnika zgrade, koji zatim potražuje od ostalih korisnika pripadajući iznos troškova. Prefakturisanje troškova u tom slučaju nije predmet oporezivanja PDV, s obzirom da obveznik koji potražuje predmetne troškove ne vrši nikakav promet dobara ili usluga u vezi sa kojim su ti troškovi nastali. 

U neposrednoj vezi sa ovakvim tretmanom prefakturisanja predmetnih troškova je i pravo na odbitak prethodnog poreza po ispostavljenim računima za isporuku navedenih dobara i usluga. S obzirom da se celokupni troškovi ne odnose na poslovanje obveznika PDV na kojeg glase računi, već da se pripadajući deo troškova odnosi na poslovanje drugih korisnika poslovnog prostora, obveznik PDV ima pravo na odbitak prethodnog poreza samo u delu u kojem se predmetni troškovi odnose na njegovo poslovanje (uz ispunjenje opštih uslova propisanih Zakonom). To dalje znači da obveznik PDV na čije ime glase računi, prefakturiše ostalim obveznicima iznos troškova sa pripadajućim PDV (“bruto” iznos troškova). 

Ostali obveznici kojima obveznik na čije ime glase računi prefakturiše pripadajući deo troškova, nemaju pravo na odbitak prethodnog poreza, s obzirom da ne poseduju račun koji je izdat na njihovo ime (ne ispunjavaju uslov iz člana 28. stav 2. tačka 1. Zakona). Naime, opšti uslovi za odbitak prethodnog poreza propisani su odredbama člana 28. Zakona. Prvi opšti uslov za ostvarivanje prava na odbitak od prethodnog poreza je da je taj promet izvršen u Republici Srbiji. Drugi opšti uslov jeste da obveznik PDV poseduje račun ili drugi dokument koji služi kao račun, koji je izdat na njegovo ime od strane drugog obveznika PDV u skladu sa Zakonom. 

Dakle, za odbitak dela prethodnog poreza pripadajućeg dela troškova koji obveznik PDV prefakturiše drugim korisnicima poslovnog prostora, ne ispunjavaju uslove ni obveznik PDV na kojeg glase računi (ne ispunjava prvi uslov), ni obveznici PDV kojima se troškovi prefakturišu (ne ispunjavaju drugi uslov).